El máximo órgano de la FIFA ha sido desde siempre el Congreso bienal que en 1996 se celebrará por quincuagésima vez. Esta instancia decide sobre cuestiones relacionadas con los Estatutos y su aplicación, aprueba informes sobre asuntos generales y financieros, concede la afiliación a nuevos miembros y elige a sus representantes. Independientemente de su tamaño o fuerza futbolística, cada miembro asociado posee un voto en el Congreso, un punto que refleja la verdadera democracia en el seno de la Federación Internacional. El Comité Ejecutivo de la FIFA (anexo) desempeña la función de una junta de directores y lo integran 21 miembros, a saber: el Presidente de la FIFA, ocho vicepresidentes y 12 miembros, a quienes apoyon y asisten en numerosas áreas especializadas un total de 15 comisiones permanentes, así como dos órganos jurisdiccionales que son la Comisión Disciplinaria y la Comision de Apelación.
Las comisiones permanentes son: